源泉徴収票PDFの作成・配布・保管完全ガイド：経理・人事担当者向け
年末調整が完了すると、企業は全従業員に源泉徴収票を交付する義務があります。源泉徴収票は、その年の給与総額・税額・各種控除額などが記載された重要な書類で、従業員が確定申告を行う場合や転職先に給与情報を伝える際に使用します。かつては紙の源泉徴収票を手渡しや郵送で配布するのが一般的でしたが、近年はPDFで電子配布する企業が増えています。特に、テレワークの普及や複数拠点での業務など、従業員が物理的に一か所に集まりにくい環境では、PDF配布の需要が高まっています。ただし、源泉徴収票には従業員の年収・扶養家族情報・マイナンバーなどの機密情報が含まれているため、PDF化・配布・保管にあたっては適切なセキュリティ対策が不可欠です。本記事では、源泉徴収票PDFの作成方法、従業員への安全な配布方法、そして長期保管のベストプラクティスについて、2026年最新の情報をもとに詳しく解説します。LazyPDFのパスワード保護ツールや分割ツールを活用した実践的な方法もご紹介します。
源泉徴収票PDFの作成方法：給与計算ソフト別の手順
源泉徴収票のPDF化は、使用している給与計算ソフトによって方法が異なります。主要な給与計算ソフトのPDF出力手順をご紹介します。freee人事労務の場合、「年末調整」メニューから「源泉徴収票の作成」を選択し、対象従業員を選んでPDF出力できます。マネーフォワードクラウド給与は、「年末調整」>「源泉徴収票」から個別または一括でPDF出力が可能です。弥生給与は「法定調書」から源泉徴収票を選択し、印刷プレビューからPDF保存できます。PCA給与やOBCの奉行シリーズも同様に、帳票出力からPDF保存の機能があります。出力したPDFが複数ページにまとまっている場合は、LazyPDFの分割ツールを使って従業員ごとに個別ファイルに分けることができます。分割後は各ファイルにLazyPDFのパスワード保護ツールでパスワードを設定し、ファイル名に「源泉徴収票_2025年分_従業員番号○○」のように年度と識別情報を含めて保存してください。
- 1給与計算ソフトで年末調整を完了し、源泉徴収票を確認する
- 2PDF出力機能を使って全従業員分の源泉徴収票を一括でPDF出力する
- 3必要に応じてLazyPDFの分割ツールで従業員ごとにPDFを分割する
- 4LazyPDFのパスワード保護ツールで各PDFにパスワードを設定する
- 5従業員ごとに決めたルール（社員番号＋生年月日の一部など）でパスワードを設定する
- 6セキュアなシステム（HR管理システム、セキュアなメールなど）で従業員に配布する
源泉徴収票PDFを従業員に安全に配布する方法
源泉徴収票PDFの配布にはいくつかの方法があります。それぞれのメリット・デメリットと適切なセキュリティ対策を説明します。【社内ポータル・HR管理システム経由】SmartHR、Jinjer HR、WorkflowなどのHR管理システムでは、源泉徴収票のPDF配布機能が標準搭載されているものがあります。従業員が自分のアカウントでログインしてダウンロードする仕組みで、最も安全な配布方法といえます。【セキュアメール経由】個別パスワード付きPDFをメールで配布する場合、パスワードは必ず別のメール・SMS・電話で伝えてください。メールの件名には「源泉徴収票」と書かず、「重要書類のご案内」などにすることで、外部からの不正アクセスのリスクを下げられます。【クラウドストレージ経由（個人フォルダ）】Google DriveやDropboxで従業員ごとに個別フォルダを作成し、そこにPDFをアップロードして共有する方法も有効です。従業員が共有リンクからのみアクセスできる設定にし、リンクには有効期限を設けることをお勧めします。いずれの方法でも、配布したPDFはLazyPDFでパスワード保護を設定することが基本です。
源泉徴収票の電子交付に関する法律上の注意点
源泉徴収票をPDFで電子交付するには、所得税法上の要件を満たす必要があります。2021年の税制改正により、源泉徴収票の電子交付については従業員の同意が必要とされています（所得税法第226条の電子交付規定）。電子交付の同意を取得する際は、書面または電子的な方法（メール・社内システムへの記録など）で従業員から同意を得ることが必要です。同意を得た従業員にはPDFで電子交付し、同意しない従業員には従来通り紙で交付することになります。また、電子交付する源泉徴収票のPDFは、e-TaxのXML形式とは異なり、通常のPDF形式（視覚的に確認できる形式）での交付が認められています。電子交付したPDFには、改ざん防止のためにLazyPDFのパスワード保護ツールで編集制限を設定することを強くお勧めします。なお、法定調書合計表や給与支払報告書の税務署・市区町村への提出は、eLTAXやe-Taxを通じた電子申請が一般的です。これらの申請に使用するデータはXML形式が主ですが、確認用のPDF書類も保存しておきましょう。
よくある質問
源泉徴収票のPDFを確定申告でe-Taxに添付する必要はありますか？
給与所得のみの方がe-Taxで確定申告する場合、源泉徴収票は添付不要で、記載内容を入力するだけで申告できます。ただし、医療費控除などの申請で源泉徴収票の情報が必要な場合は、手元に保管しておく必要があります。自営業者が確定申告する際に提出が必要な場合は、e-Taxへのアップロード時にLazyPDFで圧縮した上で添付してください。
従業員が源泉徴収票のPDFを紛失した場合、再発行できますか？
はい、企業は退職後5年以内であれば源泉徴収票の再発行義務があります（所得税法）。電子データでPDFを保存していれば、再発行は容易です。再発行時も必ずパスワード保護を設定した上で、本人確認を経て安全な方法で再交付してください。退職した従業員への再発行は特に本人確認を徹底し、誤送を防ぐことが重要です。
源泉徴収票PDFを従業員が転職先に提出する場合、どのように準備すればよいですか？
転職先に源泉徴収票PDFを提出する場合、転職先から指定された方法（メール、郵送、持参など）で提出します。メールで送付する場合は、パスワードなしの元のPDFを送らず、LazyPDFのパスワード保護ツールでパスワードを設定してから添付し、パスワードは別途電話かSMSで伝えてください。転職先のHR担当者はこのような書類を日常的に扱っているため、パスワード付きPDFでの提出は一般的な対応として受け入れられます。